Devrim yaratan yepyeni bir teknoloji ile Genetik hafızası ortaya çıkarılan Callum Lynch (Michael Fassbender) 15. Yüzyıl İspanya’sında atalarından olan Aguilar’ın maceralarını deneyimler. Callum gizemli bir topluluk olan Suikastçi soyundan geldiğini keşfeder ve günümüzde de var olan güçlü Templar organizasyonunu alt etmek için geçmişindeki bilgi ve tecrübeyi kullanır.